官員表示，房地合一稅是在2016年1月1日上路，原則上交易近年新取得的不動產，就會落入房地合一的課稅範圍，要在交易後30日內申報；而以前就持有的不動產，則維持舊制，列入財產交易所得，跟綜所稅一起申報。
由於新舊制申報規定不同，官員表示，同一地號、建號的房地持分，卻是在不同時間點取得，這種情形就很可能導致賣家錯誤申報房地合一稅。
這種「分次取得、一次出售」的情況，最常見的案例，在於長輩過世後，多人繼承老家不動產的家庭，官員表示，有些家庭未進行遺產規畫，幾年前長輩過世後房地產被分割，由不同兄弟姐妹繼承，後來繼承人們打算轉售土地，因而將各自的持分移轉到同一位手足名下，此時就可能發生同一地號的房地，因取得時間點不同，而分屬新、舊制的情形。
官員表示，針對此種交易案件，國稅局會進行輔導，讓所有權人依房地取得日期，分別適用房地合一新制或財產交易所得；國稅局不會等到隔年申報綜所稅時，才發現賣家有漏報情形，而是在房地過戶之後，就從地政機關拿到資料，通知未申報房地合一稅。
繼承房產的案件還要注意，官員指出，常常會有人在申報房地合一稅時，誤以長輩過去買房的價格來申報，導致計算錯誤、構成漏稅；實際上，如果不動產是繼承或受贈取得，要以繼承或受贈時的房屋評定現值、公告土地現值，依物價換算後作為取得成本，藉此來計算交易所得及課稅。